La mejor clasificación en la historia del club, en la tercera división data de la temporada 1999/2000, cuando La Bañeza F.C, terminó en segunda posición, consiguiendo de esa manera, clasificarse para la liguilla de ascenso a 2 B, ascenso que logró finalmente la A.D Alcorcón. Muchos y buenos son los jugadores que han vestido la camiseta de La Bañeza F.C en su historia, desde los Calvo, Castaño, Muñeca, Arce, Monroy, pasando por los bañezanos Cadenas, Sensi, Basilio, Ramiro en los 80 y 90. Hasta llegar a los Narciso, Ballesteros, Fierro, Juan Manuel, han dado paso a los jugadores que en la actualidad visten la camiseta del club, equipacion seleccion española y que consiguieron devolver en la temporada 2012/2013 a categoría nacional.
