Juanfran se formó en las categorías inferiores del Kelme CF, desde donde pasó a la cadena filial del Real Madrid, llegando a jugar con el primer equipo en Primera División el 24 de enero de 2004 ante el Villarreal CF. El brasileño fue alineado en las dos primeras jornadas, pero se quedó fuera de la convocatoria del primer encuentro de la Copa de la UEFA, equipacion de españa mundial 2022 lo cual indignó al delantero y provocaron una tensa charla entre técnico y jugador a la vista de todos los medios de comunicación en la Ciudad Deportiva.
